Phát ngôn viên Phủ Tổng thống Hàn Quốc Ko Min-jung ngày 3/7 cho biết Tổng thống Moon Jae-in đã cảnh cáo nghiêm khắc Phó Chánh Văn phòng an ninh quốc gia Phủ Tổng thống Kim Yoo-keun về vụ tàu cá Bắc Triều Tiên thâm nhập lãnh hải.
Cùng ngày, Chính phủ đã tổ chức họp báo, công bố kết quả điều tra của nhóm điều tra chung giữa các ban ngành hữu quan về vụ tàu cá miền Bắc. Nhóm điều tra nhấn mạnh trách nhiệm của Văn phòng an ninh quốc gia Phủ Tổng thống là phải giải thích tường tận vụ việc, để người dân không bị bất an, cũng như tránh cho Chính phủ bị hiểu lầm. Vậy nhưng Văn phòng an ninh quốc gia đã xem nhẹ vụ việc vừa qua, không nhận ra rằng việc quân đội tuyên bố "không có vấn đề gì trong công tác canh gác trên biển" trong buổi họp báo ngày 17/6, có thể dẫn tới hiểu lầm.
Ngày 15/6, một tàu cá nhỏ của miền Bắc đã vượt qua ranh giới liên Triều trên biển Đông, cập vào cảng Samcheok (tỉnh Gangwon) mà quân đội không hề hay biết.
Phủ Tổng thống từng nêu rõ nội dung mà Bộ Quốc phòng công bố trong buổi họp báo là không phù hợp, và Văn phòng an ninh quốc gia Phủ Tổng thống cũng phải bị truy cứu trách nhiệm do đã thảo luận trước về nội dung họp báo với Bộ Quốc phòng.