Hãng tin Kyodo của Nhật Bản ngày 25/1 đưa tin Bộ trưởng Quốc phòng nước này, ông Takeshi Ishikawa, tuyên bố rằng Tokyo không có ý định trình ra chứng cứ phản bác lập trường của Seoul về vụ máy bay tuần tra Nhật Bản bay thấp đe dọa tàu chiến của Hàn Quốc. Đài phát thanh và truyền hình Nhật Bản (NHK) cũng đưa tin Bộ Quốc phòng nước này sẽ tiếp tục theo dõi tình hình mà không trình ra tài liệu phản bác lập trường của Hàn Quốc. 

Trong buổi họp báo sau cuộc họp Nội các vào cùng ngày, Bộ trưởng Takeshi Ishikawa khẳng định theo dữ liệu ghi nhận, máy bay tuần tra của Lực lượng phòng vệ trên biển Nhật Bản đã hoạt động tuần tra một cách bình thường. Tokyo hy vọng Seoul đối phó một cách sáng suốt với vấn đề này.

Trong khi đó, báo Asahi của Nhật Bản lại đưa tin Bộ trưởng Quốc phòng Ishikawa đã nói rằng số liệu mà phía Hàn Quốc công bố là không chính xác. Sau cuộc họp Nội các, Bộ trưởng Ishikawa tới thị sát căn cứ của Lực lượng phòng vệ trên biển thuộc tỉnh Kanagawa để nghe báo cáo điều tra về vụ việc liên quan tới máy bay tuần tra của đơn vị này. Sau đó, ông Ishikawa đã thay đổi lập trường. Bộ rưởng Quốc phòng Nhật Bản chỉ thị Lực lượng phòng vệ trên biển tiếp tục giám sát, tuần tra đều đặn tại hải phận xung quanh.

Vào khoảng 2 giờ chiều 23/1, máy bay tuần tra P-3 của Nhật Bản đã tiếp cận tàu Dae Jo Yeong của hải quân Hàn Quốc ở vị trí cách đảo Ieo 131 km về phía Tây Nam. Khi đó, tàu Dae Jo Yeong đang làm nhiệm vụ tuần tra cơ động thông thường. Đây là hành vi khiêu khích thứ ba trong năm nay của máy bay Nhật Bản. Đến ngày 24/1, Bộ Quốc phòng Hàn Quốc công bố bức ảnh trong đó hiển thị khoảng cách (khoảng 540m) và độ cao (khoảng 60m) mà ra-đa phòng không của tàu Dae Jo Yeong ghi lại được vào thời điểm máy bay tuần tra của Nhật Bản tiếp cận tàu.