北韓がサンプル採取を拒否したことについて、韓国の外交通商部は、１２日夜、論評を発表し、「失望と遺憾を表明せざるを得ない」として、「韓国政府は、北韓が提出した核計画の申告書の正確性と完全性を確認できる徹底した検証が行われるべきだという立場を改めて確認する」と述べました。
また外交通商部は、「検証問題などの懸案が６カ国協議の枠組みの中で進展できるよう、関係国と連携を強めていく」としています。
一方、 柳明桓（ユ・ミョンファン）外交通商部長官は１３日、記者クラブ主催の討論会で、アメリカのオバマ新政権の誕生と、最近の北韓の出方を受けて、韓国政府の対北韓政策が変わるべきではないかとする意見に対して、「韓国はこれまでの政策を守っていくべきだ」と答え、北韓がサンプル採取を拒否したことについては、「北韓の真意を分析する必要はある」と述べました。