Nguyên nhân vụ tai nạn chìm tàu khách Sewol đã được xác định là do chở quá tải, cố định hàng hóa không chắc chắn khiến tàu khi nghiêng bị mất cân bằng dẫn đến bị chìm.
 
Nhóm điều tra chung giữa Viện Kiểm sát và Cảnh sát biển đã lấy lời khai của các nhân viên công ty vận tải biển Chonghaejin bao gồm những người từng làm việc trước đây và hiện nay.
 
Ngoài ra, công ty đảm trách việc cơi nới thêm tầng năm dù biết rõ về tải trọng của tàu cùng các cá nhân công ty vận tải biển đã nhận tiền đều đã bị bắt giữ.
 
Nhóm điều tra cũng đã xác định được rằng thời điểm xảy ra tai nạn, các công-tơ-nơ hàng hóa trên tàu Sewol bị xê dịch và đổ là do đã không được kết nối với nhau bằng ốc nón, loại chuyên dùng để cố định các góc của công-tơ-nơ. Nhiều điểm chỉ được nối bằng các dây buộc qua lỗ.
 
Ngoài ra, tại các khu C và D là nơi để xe ô tô, xe chở hàng, thiết bị nặng và công-tơ-nơ, hàng hóa chỉ đơn thuần được đặt chồng lên nhau, không hề sử dụng ốc nón hay bất cứ thiết bị nào.
 
Chính việc một trọng tải lớn không được cố định chắc chắn đã khiến các công-tơ-nơ và hàng hóa này ngay lập tức bị xê dịch, khi tàu bị nghiêng một phía khiến tàu bị lệch trọng tâm và chìm.
 
Một số nhân viên Công ty vận tải biển Chonghaejin đã khai rằng tàu Sewol có vấn đề về các thiết bị cố định hàng hóa, một số khác thậm chí còn khai họ không biết gì về những thiết bị này.
 
Bản thân thuyền trưởng tàu Sewol là ông Shin (47 tuổi) và người thay thế ông vào ngày xảy ra tai nạn là Lee Jun-seok (69 tuổi) khai rằng họ cũng biết rõ tàu Sewol có vấn đề đối với việc điều chỉnh lại trọng tâm và đã nhiều lần báo cáo lên Công ty vận tải Chonghaejin nhưng đều bị phía công ty phớt lờ.
 
Các điều tra viên cũng đã xác định được việc ông Kim (44 tuổi) đảm trách vấn đề hàng hóa tại Công ty Chonghaejin đã nhập lại số liệu về khối lượng hàng hóa trên tàu Sewol ngay khi biết tin tức về vụ tai nạn. Theo đó, con số này đã bị khai giảm xuống khoảng 180 tấn.
 
Nhóm điều tra chung giữa Viện Kiểm sát và Cảnh sát biển đã bắt giữ ông Kim nói trên và một lãnh đạo khác của Công ty vận tải biển Chonghaejin là ông Ahn (59 tuổi) với tội danh ngộ sát, vi phạm Luật an toàn tàu thuyền.
 
Xác định được việc thủy thủ đoàn trên tàu Sewol thời điểm xảy ra tai nạn đã bảy lần liên lạc với công ty điều hành ngay trước khi thoát thân khỏi tàu, các điều tra viên hiện đang điều tra xem Công ty vận tải biển Chonghaejin có đưa ra những phán đoán hay chỉ thị xử lý tình huống sai lầm như thế nào không.