Trong không khí tang thương bao trùm đau xót trước những người đã chết và tuyệt vọng tin tức người còn mất tích, các hoạt động tôn giáo cầu nguyện cho những nạn nhân mất tích trở về an toàn được tổ chức trên toàn quốc.
 
Hội đồng các giáo hội tin lành Hàn Quốc đã cho lập những bàn cầu nguyện tại các nhà thờ để giáo dân đến cầu nguyện cho những người mất tích an toàn trở về với gia đình. Tuần lễ cầu nguyện cũng dự kiến sẽ diễn ra ngay sau lễ Phục sinh. Ngoài ra, trong mỗi buổi lễ, các giáo dân đều dành thời gian cầu nguyện cho các nạn nhân.
 
Các tông phái Phật giáo cũng tổ chức cầu nguyện tại các chùa trên toàn quốc. Tối thứ Bảy (19/4), 1.500 Phật tử cũng đã tổ chức lễ cầu khấn tại chùa Jogye ở trung tâm thủ đô Seoul.
 
Về phần mình, Giáo hội Công giáo Hàn Quốc cũng có các hoạt động riêng cầu nguyện cho các nạn nhân vụ chìm tàu Sewol.
 
Trong một tin liên quan, những sinh viên Hàn Quốc học tập tại trường Đại học Harvard, trường Đại học Kỹ thuật Massachusetts và trường Đại học Boston đã cùng tập hợp tại quảng trường ở thành phố Boston thắp nến cầu mong giải cứu những nạn nhân vụ thảm họa đắm tàu tại quê nhà.