Las selecciones de fútbol de Brasil, Argentina, México y Alemania junto con Italia, Francia, España e Inglaterra fueron elegidas como cabezas de serie del Mundial 2006. La elección de las cabezas de serie se basó en la clasificación de la FIFA en los 3 recientes años y en los últimos dos Mundiales. Esas selecciones quedaron agrupadas en la urna uno, para la asignación de cada una a los 8 grupos.

La Comisión Organizadora de la FIFA dio a conocer el día 6 que otros equipos serán agrupados según sus ubicaciones geográficas y no por el lugar en el escalón mundial.

Corea del Sur estará en la urna cuatro junto con otras 3 selecciones de Asia y 3 de la CONCACAF, como Arabia Saudita, Costa Rica, Estados Unidos, Irán, Japón y Trinidad y Tobago. En la urna dos estarán Angola, Australia, Costa de Marfil, Ecuador, Paraguay, Ghana, Togo y Túnez. Y en la urna tres se encuentran Croacia, Holanda, Polonia, Portugal, República Checa, Suecia, Suiza y Ucrania.

En la urna especial figura Serbia y Montenegro por ser la selección europea de ranking inferior de la FIFA. Este equipo compartirá grupo con Argentina, México o Brasil para evitar que más de dos selecciones de Europa figuren en un mismo grupo.