Đêm ngày 11/6, Bộ Ngoại giao Nhật Bản tiếp tục đưa ra lập trường phản đối việc Hàn Quốc có hoạt động khảo sát tại Vùng đặc quyền kinh tế (EEZ) của Nhật Bản phía Nam đảo Takeshima (cách người Nhật gọi đảo Dokdo).

Tàu tuần tra của Nhật Bản đã gửi thông điệp qua thiết bị vô tuyến, yêu cầu tàu khảo sát "Haeyang 2000" (Hải Dương 2000) của Hàn Quốc dừng ngay hoạt động khảo sát trái phép.

Bộ Ngoại giao và Đại sứ quán Nhật Bản tại Seoul cùng ngày đã truyền đạt lập trường kháng nghị trên tới Công sứ Đại sứ quán Hàn Quốc tại Tokyo Kim Jang-hyun, và Vụ trưởng Vụ châu Á-Thái Bình Dương Bộ Ngoại giao Hàn Quốc Seo Min-jung.

Vào ngày 6/6 vừa qua, Bộ Ngoại giao Nhật Bản cũng đưa ra lập trường phản đối tương tự việc Hàn Quốc cử tàu khảo sát Haeyang 2000 tiến hành khảo sát tại Vùng đặc quyền kinh tế của Nhật Bản mà không hề xin phép trước. 

Trong thời gian qua, Chính phủ Tokyo lập luận rằng đảo Dokdo là lãnh thổ của nước này, và luôn đặt vấn đề mỗi khi Hàn Quốc tiến hành khảo sát gần vùng biển đảo Doko.

Về phần mình, Chính phủ Hàn Quốc bác bỏ lập trường này của Nhật Bản, khẳng định việc khảo sát gần vùng biển đảo Dokdo là một hoạt động chính đáng.