Bộ Ngoại giao Nhật Bản ngày 7/6 cho biết một ngày trước, tàu khảo sát "Haeyang 2000" (Hải Dương 2000) của Hàn Quốc đã thả vật giống như dây cáp xuống phía Nam Vùng đặc quyền kinh tế (EEZ) của Nhật Bản, phía Nam đảo Takeshima (cách người Nhật gọi đảo Dokdo của Hàn Quốc). Tàu khảo sát thuộc Viện khí tượng thủy văn và hải dương học Hàn Quốc (KHOA) này đã không hề xin phép phía Nhật Bản về việc tiến hành điều tra.

Đêm cùng ngày, Bộ Ngoại giao Nhật Bản đã truyền đạt ý kiến kháng nghị lên Đại sứ quán và Tổng lãnh sự quán Hàn Quốc tại Nhật Bản, nhấn mạnh Tokyo không thể chấp nhận việc Seoul tiến hành khảo sát trên Vùng đặc quyền kinh tế của Nhật Bản mà không xin phép trước, yêu cầu Hàn Quốc phải dừng ngay hành động này. 

Về phần mình, Chính phủ Hàn Quốc khẳng định khảo sát biển là một hoạt động chính đáng. Một quan chức Bộ Ngoại giao nhấn mạnh đảo Dokdo rõ ràng là lãnh thổ lâu đời của Hàn Quốc xét cả về mặt lịch sử, địa lý và luật pháp quốc tế, Seoul tuyệt đối không chấp nhận bất cứ lập luận nào của Tokyo về chủ quyền đối với hòn đảo này của Hàn Quốc.

Tiếp đó, quan chức này cho biết Chính phủ Hàn Quốc không thể chấp nhận việc Nhật Bản đặt vấn đề về một hoạt động chính đáng, được thực hiện căn cứ theo luật pháp trong nước và quốc tế; và đã bác bỏ lập luận vô lý của Tokyo thông qua các kênh ngoại giao.